本宮主祀天上聖母——媽祖，故又被稱為「士林媽祖」、「新街媽祖」。創建年代為清嘉慶元年（1796），據《淡水廳誌》記載：「天后宮，……，一在芝蘭街，嘉慶元年業戶何錦堂獻地捐建。」蓋芝蘭街乃商業雲集之地，因物資往來需靠水路運輸，故建天后宮以祈求媽祖保佑航運安全。迨咸豐九年（1859）發生漳泉械鬥，芝蘭街連同天后宮被泉州人焚燬，仕紳潘永清力主於下樹林今址重建八芝蘭新街，並以「井」字型為街廓，街之中央由「曹七合」獻地設為廟址。至同治三年（1864）方始重建，竣工後稱「芝蘭宮」。光緒元年（1875）至光緒六年，再度由潘盛清等人士將廟擴建為兩進式之廟宇，並正式命名為「慈諴宮」。（諴音：ㄒㄧㄢˊ）

日治時期本宮曾為八芝蘭公學校分教場（今士林國小）、士林信用組合辦公室（今士林農會），乃集宗教、教育、經濟為一體的信仰中心。昭和二年（1927）士林寺廟管理人潘光楷等人發起大規模之修建，成立「慈諴、神農宮兩廟改築委員會」，當時將本宮改為九開間式的廟宇，即將龍虎門廳由馬背式屋脊改為三川脊式，木雕、正殿跤址陶部分聘請兩組不同藝師擔綱，因此本宮左右木雕風格不逕相同。臺灣光復之後，於民國四十三年增建三座並排而立的戲檯，為全臺灣獨一無二。民國五十九年開始，本宮正殿及左右護龍神龕陸續增加，並由北部木雕名師黃龜理率徒雕造。爾後，於民國五十八年、六十四年和九十年，都有過修繕的記錄。由於廟內建築仍保持日治時期修建之樣貌，故於民國七十四年被內政部評定為國家三級古蹟。本宮近年欲利用廟後方的空地，籌備興建「文史館」以保存歷史文物及辦公空間，民國一○四年3月12日興工動土，預定於三年後竣工完成。